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1996年,国家科技部以中国医学科学院药物研究所（以下简称“药物所”）为依托组建“国家新药开发工程技术研究中心”（以下简称“工程中心”），这是我国药物研究领域首个以医药技术与产品的转化为功能与核心的国家级工程中心。2002年10月经国家科技部、卫生部批准，为实现国家新药开发工程技术研究中心的企业化运营，在国家卫生部的组织下，依托中国医学科学院药物研究所在北京成立企业化运营公司，后定名为“北京科莱博医药开发有限责任公司”（以下简称“科莱博公司”），工程中心开始以市场化机制企业化运营。
编程开发
国家人类疾病动物模型资源库依托单位是中国医学科学院医学实验动物研究所。研究所是从事实验动物学和比较医学科研与教学的专业研究所，是国内惟一的集实验动物和疾病动物模型资源创制、保种和生产供应、比较医学技术研究、实验动物技术培训于一体的研究单位
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药用植物研究所海南分所|药植所海南分所|海南分所|药植所
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中国医学科学院血液病医院（中国医学科学院血液学研究所）由中国血液学创始人邓家栋教授于1957年创建。上世纪70年代迁往四川，1982年重新迁回天津。是我国目前最大的集医疗、科研、教学、产业于一体的国家级科研型血液病专业医疗机构。
健康医疗
深圳弘汇生物医药有限公司主要致力于中药民族药创新药物开发、新靶点化学小分子创新药物研发。目前与哈尔滨医科大学、沈阳药科大学、四川大学、军事医学科学院、中国医学科学院、石河子大学等科研机构建立了广泛的科研合作平台，在国家重大新药创制课题“中药民族药标准组分库建设”支持下,建立了中药民族药资源库。相关研究成果先后获得新疆生产建设兵团科技进步一等奖1项、新疆生产建设兵团科技进步二等奖2项。
军事政治
癌症、瑞栢森自体肿瘤疫苗、康尔诺、生物技术、cure&sure、中科院微生物研究所、中国医学科学院肿瘤医院
成都八大处整形医院隶属于中国医学科学院整形外科医院(八大处整形)・西南中心，无缝对接百余位总部专家，掌握整形核心技艺，以中国美塑造全球医美标杆，让更多人留在中国整形！
山东聊城二院是山东聊城二院医学院的临床学院。中国医学科学院的临床医学研究所，是卫生部指定的全国疑难重症诊治指导中心之一。医院学科齐全、技术力量雄厚，医、教、研、管全面发展，以多学科的综合优势享誉海内外。
综合门户
北京市朝阳区桓兴肿瘤医院，始建于1988年3月，由中国癌症研究基金会和中国医学科学院肿瘤医院，为纪念我国肿瘤治疗事业的奠基者和开拓者---吴桓兴教授而共同建立。旨在造福肿瘤患者，发展中国癌症治疗事业，同时缅怀医学先驱，追忆其精神，弘扬其医德。
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北京协和医院是北京协和医学院的临床学院。中国医学科学院的临床医学研究所，是卫生部指定的全国疑难重症诊治指导中心之一。医院学科齐全、技术力量雄厚，医、教、研、管全面发展，以多学科的综合优势享誉海内外。
中国医学科学院系统医学研究中心，苏州系统医学研究所，CenterofSystemsMedicineChineseAcademyofMedicalSciences，InstituteofSystemsMedicine，SuZhouInstituteofSystemsMedicine
协和解剖教学网是由中国医学科学院北京协和医学院解剖与组胚学系组办,是专业面向临床的解剖学多媒体教学网.